io.github.nhoverte/biocosm

Est-ce que io.github.nhoverte/biocosm est sûr ?

Au dernier audit MCP Hub, le serveur MCP « io.github.nhoverte/biocosm » est classé « Non encore testé ». Référencé dans l'annuaire. Seul le pentest comportemental fait foi, et il n'a pas encore été exécuté sur ce serveur. Le verdict est réévalué en continu ; consultez la fiche pour l'état à jour.

Méthode : MCP Hub analyse la description de chaque outil (couche 1) et, pour le verdict fort, exécute le serveur dans une micro-VM isolée avec leurres et réseau bloqué (couche 2). On publie des noms et des compteurs, jamais le contenu brut renvoyé par un outil.

Les 13 outils

• find_by_phase≈ 210 tokens

  List drugs/diagnostics at a specific clinical phase.

  Paramètres, retour & exemple (3)

  Paramètres

  • limit · integer · optionnel
    Maximum results (default 100, max 500)
  • phase · string · requis
    One of "approved", "on_market", "phase3", "phase2", "phase1", "in_development", "cleared", "ldt", "ruo"
  • node_type · ? · optionnel
    Optional filter — "drug", "pipeline", "diagnostic", "target"

  Exemple d'appel

  {"name": "find_by_phase", "arguments": {"phase": "texte"}}

  Exemple de retour

  {"content": [{"type": "text", "text": "…"}], "structuredContent": {"result": []}}

• find_by_target≈ 155 tokens

  Find all drugs that target a specific gene/protein.

  Paramètres, retour & exemple (2)

  Paramètres

  • limit · integer · optionnel
    Maximum results (default 50, max 200)
  • target_gene · string · requis
    Gene symbol or target name (e.g. "EGFR", "KRAS", "PD-1")

  Exemple d'appel

  {"name": "find_by_target", "arguments": {"target_gene": "texte"}}

  Exemple de retour

  {"content": [{"type": "text", "text": "…"}], "structuredContent": {"result": []}}

• find_related≈ 274 tokens

  Find nodes connected to a given node. Three relationship types are derived on-the-fly: - "drug_target": for a drug, the targets it hits (and vice versa for a target node, the drugs that hit it) - "same_company": drugs sharing a company with this node - "same_target_class": drugs with the same mechanism_class

  Paramètres, retour & exemple (3)

  Paramètres

  • limit · integer · optionnel
    Maximum results per link type (default 30)
  • node_id · string · requis
    Source node identifier
  • link_type · ? · optionnel
    Optional filter — one of "drug_target", "same_target_class", "same_company". If None, returns all three groups.

  Exemple d'appel

  {"name": "find_related", "arguments": {"node_id": "texte"}}

  Exemple de retour

  {"content": [{"type": "text", "text": "…"}], "structuredContent": {"result": "texte"}}

• get_company_portfolio≈ 133 tokens

  Get a company's full drug/diagnostic portfolio from BioCosm.

  Paramètres, retour & exemple (1)

  Paramètres

  • company_name · string · requis
    Company name (e.g. "Merck", "Roche", "Illumina")

  Exemple d'appel

  {"name": "get_company_portfolio", "arguments": {"company_name": "texte"}}

  Exemple de retour

  {"content": [{"type": "text", "text": "…"}], "structuredContent": {"result": "texte"}}

• get_coverage≈ 106 tokens

  Report BioCosm's actual data coverage so you never mistake missing data for a real-world zero. An empty or absent field on a node means "not in BioCosm's data," never a true zero. BioCosm is AI-generated and may contain errors.

  Paramètres, retour & exemple (0)

  Exemple d'appel

  {"name": "get_coverage", "arguments": {}}

  Exemple de retour

  {"content": [{"type": "text", "text": "…"}]}

• get_node≈ 256 tokens

  Get full details for a single BioCosm node: identity and all name aliases, classification, gene targets and mechanism, therapeutic areas, companies, revenue history where available (sparse: ~100 drugs, mostly blockbusters, as annualized quarterly estimates; source links when present), probability-of- success predictions for pipeline drugs (with confidence intervals and contributing factors), structured clinical trial outcomes, external cross-references, and writeup availability. Empty fields mean "not in BioCosm's coverage," NOT zero or absent in reality.

  Paramètres, retour & exemple (1)

  Paramètres

  • node_id · string · requis
    The node identifier (e.g. "pembrolizumab", "trastuzumab")

  Exemple d'appel

  {"name": "get_node", "arguments": {"node_id": "texte"}}

  Exemple de retour

  {"content": [{"type": "text", "text": "…"}], "structuredContent": {"result": "texte"}}

• get_node_freshness≈ 140 tokens

  Get freshness details for a single node: writeup age, enrichment hash match, staleness score, validation score.

  Paramètres, retour & exemple (1)

  Paramètres

  • node_id · string · requis
    The node identifier (e.g. "pembrolizumab")

  Exemple d'appel

  {"name": "get_node_freshness", "arguments": {"node_id": "texte"}}

  Exemple de retour

  {"content": [{"type": "text", "text": "…"}], "structuredContent": {"result": "texte"}}

• get_pos_score≈ 167 tokens

  Get the Probability of Success estimate for a node, including the base rate, adjustment factors with reasoning, confidence interval, and model version. Returns None for nodes without a PoS score (typically only late-stage pipeline drugs are scored).

  Paramètres, retour & exemple (1)

  Paramètres

  • node_id · string · requis
    Node identifier

  Exemple d'appel

  {"name": "get_pos_score", "arguments": {"node_id": "texte"}}

  Exemple de retour

  {"content": [{"type": "text", "text": "…"}], "structuredContent": {"result": "texte"}}

• get_staleness_report≈ 99 tokens

  Get writeup staleness report: overall stats, top stale nodes, data source freshness.

  Paramètres, retour & exemple (1)

  Paramètres

  • limit · integer · optionnel
    Number of top stale nodes to return (default 20)

  Exemple d'appel

  {"name": "get_staleness_report", "arguments": {"limit": 1}}

  Exemple de retour

  {"content": [{"type": "text", "text": "…"}]}

• get_stats≈ 89 tokens

  Get a high-level overview of the BioCosm database: total nodes, writeups, companies, breakdowns by type/status/domain, validation scores, and recent pipeline runs.

  Paramètres, retour & exemple (0)

  Exemple d'appel

  {"name": "get_stats", "arguments": {}}

  Exemple de retour

  {"content": [{"type": "text", "text": "…"}]}

• get_writeup≈ 139 tokens

  Get the full writeup for a BioCosm node, including all sections, citations, structured data, and validation score.

  Paramètres, retour & exemple (1)

  Paramètres

  • node_id · string · requis
    The node identifier (e.g. "pembrolizumab")

  Exemple d'appel

  {"name": "get_writeup", "arguments": {"node_id": "texte"}}

  Exemple de retour

  {"content": [{"type": "text", "text": "…"}], "structuredContent": {"result": "texte"}}

• list_by_therapeutic_area≈ 155 tokens

  List all nodes in a given therapeutic area.

  Paramètres, retour & exemple (2)

  Paramètres

  • area · string · requis
    Therapeutic area to search (e.g. "breast cancer", "non-small cell lung cancer")
  • limit · integer · optionnel
    Maximum results (default 50)

  Exemple d'appel

  {"name": "list_by_therapeutic_area", "arguments": {"area": "texte"}}

  Exemple de retour

  {"content": [{"type": "text", "text": "…"}], "structuredContent": {"result": []}}

• search_nodes≈ 246 tokens

  Search BioCosm nodes by name, gene symbol, target, therapeutic area, or company. Results are ranked: exact name/brand matches first, then partial name matches, with a node-type prior (canonical drug/diagnostic nodes rank above gene-target nodes, which rank above ChEMBL salt-form duplicates). Nodes matched only via description/company/area rank last. Each result includes a `name` field for disambiguation.

  Paramètres, retour & exemple (2)

  Paramètres

  • limit · integer · optionnel
    Maximum results to return (default 20, max 100)
  • query · string · requis
    Search term (e.g. "breast cancer", "pembrolizumab", "Merck")

  Exemple d'appel

  {"name": "search_nodes", "arguments": {"query": "texte"}}

  Exemple de retour

  {"content": [{"type": "text", "text": "…"}], "structuredContent": {"result": []}}

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Source

https://biocosm-mcp.fly.dev/mcp